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　　PCR實驗室潔凈主要是通過人為的手段，應用潔凈技術實現控制室內空氣中塵埃、含菌濃度、溫濕度與壓力、以達到所要求的潔凈度、溫濕度和氣流速度等環境參數。這樣就能保證實驗結果的精確性也讓工作人員遠離可能存在的傳染等。PCR實驗室潔凈要求一般實施兩級隔離，一級隔離通過生物安全柜、負壓隔離器、正壓防護服、手套、眼罩等實現；二級隔離通過實驗室的建筑、空調凈化和電氣控制系統來實現。

　　但由于PCR實驗室凈化空調需要風量小，為了安全起見風量都按大的估算，一般都要超過規范規定，現今專門有PCR實驗室凈化空調機組，可以直接利用解決。而一般PCR實驗室都裝備有：超凈工作臺、生物安全柜、邊臺或不銹鋼操作臺、洗滌臺等。PCR實驗室通常也會化分成四個區域，即：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區（如使用全自動分析儀，區域可適當合并）。

　　進入各個區域必須嚴格按照單一方向進行，不同的工作區域使用不同的工作服（例如不同的顏色）。工作人員離開時，不得將工作服帶出。試劑儲存和準備室（標本制備區），儀器主要配置有：冷凍離心機、生物安全柜、冰箱、可移動紫外燈、全自動力核酸蛋白純化儀、專用工作服和工作鞋等。擴增反應混合物配制和擴增區配置有：冰箱、高速離心機、超凈工作臺、PCR儀（要求負壓狀態）、可移動紫外燈、微量加樣器、核酸擴增儀等。擴增產物分析區主要配置有：移液器、振蕩器、超凈工作臺、毛細管電泳儀、冰箱、離心機、微量加樣器、可移動紫外燈等。

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